La tradizione attribuisce a San Francesco d'Assisi l'introduzione del Presepio nel vasto ciclo delle consuetudini natalizie, quando, nella notte di Natale del 1223 a Greccio, come ci viene riportato da San Bonaventura, dispose una greppia con il fieno, vi fece condurre il bue e l'asino e davanti ad essa venne celebrata la Santa Messa, di fronte ad una moltitudine di gente convenuta da tutta la regione.
In realtà a Greccio non veniva rappresentato alcun personaggio della Natività di Betlemme, né comparvero attori che impersonassero la Madonna, S. Giuseppe e il Bambino; pertanto, più che un Presepio, la rappresentazione di Greccio va interpretata come uno sviluppo del cerimoniale liturgico natalizio, riconnettendosi ai misteri, drammi sacri in volgare aventi per soggetto episodi dell'Antico e del Nuovo Testamento, e alle laudi dialogate e drammatiche, espressioni della religiosità laica delle Confraternite, diffuse in quel periodo soprattutto in Umbria e in Toscana.
Nelle sacre rappresentazioni, tra l'altro, che dal XIV secolo diventano sempre più fastose, non mancarono i burattini mobili, da alcuni considerati gli antenati delle nostre statuine.
La progressiva degenerazione del dramma liturgico in forme paganeggianti, se non addirittura scurrili, spinse la Chiesa a condannarlo nel Concilio di Treviri, e a favorire, di contro, la raffigurazione statica della Natività, e quindi il Presepio, contribuendo così alla sua successiva diffusione.