Mentre alcuni studiosi considerano come progenitori del Presepio le statuette votive raffiguranti i Lari e i Penati, numi tutelari della casa, della famiglia e della patria, che gli antichi romani esponevano in un angolo della casa adibito ad altare, in realtà la prima rappresentazione della Natività si ritrova nell'affresco delle catacombe di Santa Priscilla (II sec. d.C.), che raffigura la Madonna con in grembo il Bambino, per la presentazione ai Re Magi: accanto un uomo, San Giuseppe o, forse, il profeta Isaia e, in alto, una stella a otto punte.
Nei secoli successivi, sino al quinto circa, molti sono gli affreschi catacombali rappresentanti analoghe Epifanie, mentre nell'affresco delle catacombe di San Sebastiano (IV sec. d.C.) mancano Maria e Giuseppe ma compare una sorta di mangiatoia con il bue e l'asino.
Successivamente, dal IV al VI secolo, nei bassorilievi dei sarcofagi marmorei cominciano ad apparire anche i pastori, e così, man mano, il Presepio prende forma, avvicinandosi allo schema attuale, con tutti i personaggi al completo, oltre il Bambino: Maria, Giuseppe, bue, asino, i tre Re Magi, i pastori. Trattasi però sempre di bassorilievi, o, nei secoli successivi, di vetri dipinti, miniature, mosaici, e non ancora di Presepi intesi come rappresentazioni tridimensionali della Natività.
In tal senso quindi, gli studiosi sono d'accordo nel considerare comunemente come il più antico Presepio d'Italia l'allestimento marmoreo di Arnolfo di Cambio, realizzato intorno al 1289, che, seppure distrutto in alcune sue parti e in altre rimaneggiato, si può ancora oggi ammirare nella basilica di Santa Maria Maggiore.
Davanti ad esso, fino al 1870, molti Pontefici celebrarono la Messa di Natale.