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Le Pape Benoît XVI a fait du 9 au 14 septembre un Voyage Apostolique en Bavière : Munich, Altötting, et Ratisbonne. Ce quatrième voyage apostolique hors de l’Italie, a été un pèlerinage sur les lieux de l’enfance et de la jeunesse de Joseph Ratzinger, quiol’ont vu devenir prêtre, puis Evêque. Le Saint-Père a présenté son voyage durant l’audience générale du 20 septembre : « Ce voyage n'a donc pas été un simple "retour" au passé, mais également une occasion providentielle pour regarder avec espérance vers l'avenir. "Celui qui croit n'est jamais seul": la devise de la visite voulait être une invitation à réfléchir sur l'appartenance de chaque baptisé à l'unique Eglise du Christ, au sein de laquelle on n'est jamais seul, mais en communion constante avec Dieu et avec tous nos frères »
Le Saint-Père a rappelé aussi le discours prononcé à l’Université de Ratisbonne où il a été professeur, et a expliqué le sens de ses paroles :
« J'avais choisi pour thème la question du rapport entre foi et raison. Pour présenter à l'auditoire le caractère dramatique et actuel du thème, j'ai cité quelques paroles d'un dialogue chrétien-musulman du XIV siècle, avec lesquelles l'interlocuteur chrétien, l'empereur byzantin Manuel II Paléologue - d'une manière pour nous étonnamment abrupte - présenta à son interlocuteur musulman le problème du rapport entre la religion et la violence. Cette citation a malheureusement pu se prêter à un malentendu. Pour un lecteur attentif de mon texte, il apparaît cependant clairement que je ne voulais en aucune façon faire miennes les paroles négatives prononcées par l'empereur médiéval dans ce dialogue et que leur contenu polémique n'exprime pas ma conviction personnelle. Mon intention était bien différente: en partant de ce que Manuel II dit ensuite de manière positive, avec une très belle phrase, à propos de la raison qui doit guider dans la transmission de la foi, je voulais expliquer que ce n'est pas la religion et la violence, mais la religion et la raison qui vont de pair. Le thème de ma conférence - répondant à la mission de l'Université - fut donc la relation entre la foi et la raison: je voulais inviter au dialogue de la foi chrétienne avec le monde moderne et au dialogue de toutes les cultures et religions. J'espère qu'en divers moments de ma visite - par exemple, lorsque j'ai souligné à Munich combien il est important de respecter ce qui est sacré pour les autres - est apparu clairement mon profond respect pour les grandes religions et, en particulier, pour les musulmans, qui "adorent le Dieu unique" et avec lesquels nous sommes engagés à "protéger et à promouvoir ensemble, pour tous les hommes, la justice sociale, les valeurs morales, la paix et la liberté" (Nostra Aetate, n. 3). Je suis donc certain que, après les réactions du premier moment, mes paroles à l'Université de Ratisbonne pourront constituer une impulsion et un encouragement à un dialogue positif, même autocritique, que ce soit entre les religions ou entre la raison moderne et la foi des chrétiens ».
